La historia de SGAE se remonta a finales del siglo XIX, cuando el sector musical y teatral en España estaba formado por tres grupos: los dueños de las salas en las que se interpretaban las obras, los autores de las mismas y los intermediarios entre ambos, es decir, los editores. Estos últimos abusaban frecuentemente de su posición dominante mediante contratos de exclusividad con las salas, y ataban a los autores con préstamos a elevado interés sobre sus futuros derechos, además de comprometerles, no sólo con las obras escritas, sino con las que pudiesen llegar a escribir.

Ante esta situación, el comediógrafo y periodista Sinesio Delgado y el compositor Ruperto Chapí, motivados por el reconocimiento nacional (Ley de Propiedad Intelectual española de 1879) e internacional de los derechos de autor (Berna 1886), siembran en los autores la idea de la independencia. El 16 de junio de 1899 fundan la Sociedad de Autores Españoles (SAE), junto a Miguel Ramos Carrión, José Francos Rodríguez, Tomás López Torregrosa, Carlos Arniches, Quinito Valverde, José López Silva, Eugenio Sellés, Eusebio Sierra y Vital Aza, que fue el primer presidente.​

En 1932, diversos problemas llevan a Federico Romero a proponer la disolución de la SAE y la creación de SGAE: Sociedad General de Autores de España, cuyo primer presidente fue Eduardo Marquina.​

SGAE de 1932 nace como una federación de distintas sociedades que previamente habían sido secciones en la SAE: Sociedad de Autores Dramáticos, presidida por José Ramos Martín; Sociedad de Autores de Variedades, presidida por Ezequiel Endériz; Sociedad Española del Derecho de Ejecución, presidida por el maestro Francisco Alonso, y la Sociedad Española de Autores Líricos, presidida por el maestro Federico Moreno Torroba.

La Ley de Propiedad Intelectual del 24 julio regula SGAE como entidad única y exclusiva de gestión colectiva de derechos.​

Se produce una gran reforma con respecto a la Ley de Propiedad Intelectual de 1879. Uno de los preceptos más importantes de la nueva norma es que, al fin, no es exigible el registro de la obra ni ninguna otra formalidad para la eficacia de su protección. ​

Los editores entran a formar parte de la Entidad que, manteniendo las siglas, la denominación pasa a ser Sociedad General de Autores y Editores.

Se reforma parcialmente la Ley de Propiedad Intelectual, incorporando al derecho español la Directiva Europea relativa a la armonización del plazo de protección del derecho de autor y de determinados derechos afines, adaptándola al entorno digital.​

Tras la renovación de los órganos de gobierno en mayo de 2012, con una cifra récord de participación de los socios en la votación, la incorporación de nuevos órganos de representación como los Consejos Territoriales y, en paralelo, la progresiva renovación del equipo directivo durante el año 2013, SGAE inicia una nueva etapa. Su Dirección General lleva a cabo un Plan de Transparencia y Control interno, fruto del empeño de la Junta Directiva por volver a los orígenes fundacionales de SGAE: la mejora de las condiciones de trabajo de los creadores, la defensa del legítimo derecho a una digna contraprestación acorde con su talento y esfuerzo, así como el apoyo a quienes comienzan, y la ayuda a aquellos que estén pasando dificultades.

Uno de los hitos fundamentales del nuevo gobierno de SGAE es la visión de una SGAE más digital, un nuevo modelo de gestión más eficaz, transparente y global, que contempla la incorporación de nuevos sistemas de transformación en su gestión. Se automatizan procesos internos, se potencian canales online para dar mayor y mejor servicio a los socios y los clientes, y se refuerza la integración con los agentes de la industria, entre otros.

Estos avances hacia una gestión global de los derechos de sus socios se completan con la incorporación de SGAE a iniciativas como el proyecto ARMONIA para la licencia de los derechos ‘online’ en Europa, en colaboración con otras entidades de gestión.

Se modifica la Ley de Propiedad Intelectual incorporando la directiva europea en materia de derechos de autor.