SGAEren gobernu organoak erakundea zuzentzeko hautatutako sortzaileek osatzen dute. SGAEren gidaritza zuzendaritza-batzordeari dagokio eta 39 kidez osatutako elkartearen gobernu eta ordezkaritza organoak dira. Kide horiek erakundearen bazkideak dira eta honako hauetan daude banatuta: Eskubide Handiko Elkargoan, Eskubide Txikiaren Elkargoan, Ikus-entzunezkoen Elkargoan eta Argitaratzaileen Elkargoan. Erakundearen administrazio iraunkor eta betearazlea Zuzendaritza Kontseiluari dagokio. Kontseilu horren esku daude SGAEren zuzendaritza-taldea eta lantalde teknikoa, 400 langile baino gehiagok osatzen dutena.